Codeシリーズの挙動にはハマりどころが多いんですよね…。一回触っておいたほうがいいところかなと。
CodeDeploy Agentは最近アップデートがあるまでRubyの古いバージョンにしか対応してなかったりとかで結構大変でした。ドキュメントは未だにAmazon Linux2にきちんと対応してなかったりもします。