AWSアクセスキーをGithubにあげてしまった時の対処方法 - Qiita

既に指摘多数ですけど、そんなことより真っ先にやるべきはアクセスキーの無効化ですね…。
多くの人がAWS上で動かすにも関わらず思考停止でアクセスキーを発行するんですが、AWS上で動かすならそもそもアクセスキーなど不要でIAMロールだけで十分です。
アクセスキーは必要なとき以外発行しない、そして必要な場合は最小権限を与えたユーザを作成し、そのユーザのアクセスキーを使用する、を意識すべきです。

アクセスキーを使いたいなら、アクセスキー自体にはAssumeRoleの権限だけ与えておいて、必要な時にロールの権限を呼び出して使う、とするとベストです。やり方はSDKによりけりだと思うので割愛。

IAMロールを使え、に完全同意。もし、アクセスキーを使う場合はコミットできないように、git-secretsも必須で入れてます。
https://github.com/awslabs/git-secrets

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